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SUMO 蛋白酶识别完整的含有 100 个氨基酸的 SUMO（Small Ubiquitin-like Modifier）标签蛋白，并能高效地把 SUMO 从融合蛋白上切割下来。与 EK 和 TEV 等蛋白酶的识别位点相比，由于其识别序列长，所以 SUMO 蛋白酶酶切反应有很高的特异性，且在较宽范围的反应环境体系中保持较高的活力，例如温度（4-30℃）、pH（5.5-9.5）等。SUMO 蛋白酶还具有多聚 His 标签，便于使用亲和层析的方法，去除 SUMO 蛋白酶，纯化目的蛋白。
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